Primul său film de lungmetraj a fost filmul de acțiune The Replacement Killers (1998), produs de John Woo, cu Chow Yun Fat în rol principal. Apoi a regizat thrillerul criminal Training Day (2001), pentru care starul Denzel Washington a câștigat un premiu Oscar pentru Cel mai bun actor. Filmele sale următoare au fost drama de război Tears of the Sun (2003), filmul legendar Arthurian King Arthur (2004), thrillerul de acțiune cu conspirație Shooter (2007), filmul criminal Brooklyn's Finest (2009) și thrillerele de acțiune Olympus Has Fallen (2013) și The Equalizer (2014), ultimul asociindu-l din nou pe Fuqua cu Denzel Washington.
A co-creat miniseria de benzi desenate After Dark împreună cu Wesley Snipes, care a fost scrisă de Peter Milligan și ilustrată de Jeff Nentrup. Fuqua era programat să regizeze Prisoners, bazat pe o poveste scrisă de Aaron Guzikowski, dar a părăsit proiectul. Era planificat să regizeze biografia oficială a lui Tupac Shakur. Proiectul a fost amânat pentru a-i permite lui Fuqua să regizeze al doilea film de lungmetraj al rapperului Eminem, Southpaw. Cu toate acestea, Eminem a suspendat Southpaw pentru a se concentra pe muzică și a fost înlocuit cu Jake Gyllenhaal. În 2010, CBS Films l-a angajat pe Fuqua să regizeze un nou film bazat pe un roman de Vince Flynn, Consent to Kill. În mai 2014, 20th Century Fox l-a desemnat pe Fuqua să regizeze un thriller despre trafic de droguri, Narco Sub, care este scris