S-a născut în San Francisco, California, și a crescut în Menlo Park, un suburbiu situat la sud de San Francisco. Tatăl ei, Walter Smith, era cercetător de piață în domeniul computerelor, iar mama ei, Lora, era terapeut. Părinții s-au despărțit când Courtney avea șapte ani, iar ea a locuit cu ambii părinți în diferite etape. Are o soră mai mare, Jennifer, care este executiv în publicitate. A frecventat liceul Menlo-Atherton, în Atherton, California, și a absolvit liceul Tamalpais, în Mill Valley, California, în 1985. De asemenea, a jucat cu Compania de Teatru Ensemble în Mill Valley în timp ce frecventa liceul.
Descrierea de mai sus provine din articolul Wikipedia despre Courtney Thorne-Smith, licențiat sub CC-BY-SA, lista completă a contributorilor pe Wikipedia.